เป้าหมายการป้องกันวัณโรค (TB) ที่เป็นเอกลักษณ์และเฉพาะเจาะจงของเบดาควิลีนคือปั๊มโปรตอนของ Mycobacterium tuberculosis ATP synthase ATP synthase เป็นเอนไซม์สำคัญสำหรับการสังเคราะห์ ATP ในเชื้อ Mycobacterium tuberculosis เมื่อโอลิโกเมอร์ของ ATP synthase และ lipoprotein subunit c จับกับเบดาควิลีน จะยับยั้งการสังเคราะห์ ATP และทำให้แบคทีเรียตาย เมื่อเปรียบเทียบกับยาต้านวัณโรคที่มีอยู่ เบดาควิลีนมีกลไกต่อต้านวัณโรคแบบใหม่ และไม่ทำให้เกิดการต้านทานข้ามกับสารวัณโรคในปัจจุบัน หน่วยย่อยการเข้ารหัสลำดับยีน c ของ ATP synthase ถูกกำหนดให้เป็น atpE และลำดับกรดอะมิโนนั้นได้รับการอนุรักษ์ไว้อย่างสูง การต้านทานต่อเบดาควิลีนในเชื้อมัยโคแบคทีเรียมวัณโรคเกิดขึ้นจากการกลายพันธุ์ที่ตำแหน่ง 63 หรือ 66 ของยีน atpE ซึ่งทำให้ความสัมพันธ์ที่ผูกพันของเบดาควิลีนกับหน่วยย่อย ATP synthase c ลดลง